تحكي نبوءة قديمة عن يوم عندما ينزعج جبابرة الجليد والبرق والنار. عندما يحدث هذا ، سوف ترتفع لوجيا ، حارس البحر ، وتستعيد الانسجام. مسحورًا بكلمات النبوة ، ينطلق جيلاردان ، جامع البوكيمون ، في منطقته الجوية بخطة مروعة لالتقاط لوجيا من خلال ملاحقة هؤلاء العمالقة الثلاثة. بعد أن قام جيلاردان بخطوته ، بدأ تغير المناخ الجذري يحدث ، حيث بدأت العواصف الرهيبة في الظهور في جميع أنحاء العالم. إحدى هذه العاصفة تتسبب في انحراف السفينة التي تحمل مدربين بوكيمون ساتوشي وكاسومي وكينجي عن مسارها والهبوط في جزيرة إيرثيا. عند وصوله ، يتم إخبار ساتوشي عن النبوءة القديمة ، وعن مصيره باعتباره الشخص المختار الذي سيساعد لوجيا على إعادة التوازن إلى العالم. مع مصير العالم بين يديه ، يجب على ساتوشي أن يستجمع الشجاعة لمواجهة الفوضى التي تهدد بتمزيق كل شيء ووقف جيلاردان.
