قصة فيلم Persona 3 the Movie 1: Spring of Birth تدور حول يوكي ماكوتو الذي انتقل إلى مدرسة جيكّوكان الثانوية في ميناء جزيرة تاتسومي، حيث سيرى ظاهرة معروفة بالساعة المظلمة، بعدما رأى زملائه يتعرّضون للخطر من قبل مخلوقات غريبة تسمى بالظّلال، يذهب ماكوتو لمساعدتهم ولسبب غير مفهوم يوقظ قوة البيرسونا الخاصة به. ينظم ماكوتو فيما بعد إلى نادي سرّي في المدرسة يسمى S.E.E.S ، وهدف أعضاء النادي الوحيد هو التخلص من الظّلال.
